2000年5月20日，北大附中深圳南山分校誕生在雄偉的南山腳下，旖旎的珠江口左岸。它是北京大學(xué)、香港科技大學(xué)和深圳市政府三方合作的深港產(chǎn)學(xué)研基地的基礎(chǔ)教育發(fā)展項目，是深圳市南山區(qū)教育局和北京大學(xué)附屬中學(xué)聯(lián)合創(chuàng)辦的集小學(xué)、初中、高中為一體的寄宿制國有民辦學(xué)校。
建校之初，北京大學(xué)校長許智宏揮毫題詞“繼承北大傳統(tǒng)，創(chuàng)辦一流名校”加以勉勵。自此，北大精神扎根南國發(fā)榮滋長，瑯瑯書聲伴隨特區(qū)天籟齊鳴。
北大附中深圳南山分校東依科技園，西眺伶仃洋，北出南頭關(guān)，南抵蛇口港，是南山區(qū)一所全新的現(xiàn)代化、花園式學(xué)校。南山區(qū)山海景致迷人，半島風(fēng)情濃郁；經(jīng)濟文化繁榮，科技、教育力量雄厚；深圳灣大橋從海上飛跨香港，沿江西部通道貫穿珠三角腹地。在三十年改革開放發(fā)展成果的強勁支撐下，南山區(qū)政府繼續(xù)解放思想，銳意突破創(chuàng)新，以國際化眼光定位城市發(fā)展模式，以率先姿態(tài)傾力打造廣東省教育示范強區(qū)。北大附中深圳南山分校坐擁如此得天獨厚的區(qū)位優(yōu)勢和卓越的人文地理環(huán)境，可謂物華天寶，鐘靈毓秀。
經(jīng)歷九年風(fēng)雨彩虹，北大附中深圳南山分校在特區(qū)教育這片肥沃的土壤里，已經(jīng)根深葉茂，華蓋擎天。她以“培養(yǎng)人格健全、學(xué)力寬厚、具有中國靈魂世界眼光的現(xiàn)代人”為目標(biāo)，高屋建瓴，特色彰顯，開拓了“廣東省一級學(xué)�！�、“廣東省首屆十佳民辦學(xué)�！薄皣沂讓媒逃蒲邪購娦！�、“廣東省高中教學(xué)水平評估優(yōu)秀學(xué)校”、“南山區(qū)教育現(xiàn)代化示范�！钡妮x煌之路，沃灌著一顆顆在北大文脈的熏陶中、在自主發(fā)展的精神家園里健康成長的快樂心靈，造就出一批批思想活躍、富于理想、敢于置疑、勇于創(chuàng)新的莘莘學(xué)子。如今，在已經(jīng)畢業(yè)的5屆初中生，3屆高中生當(dāng)中，有五十多人以優(yōu)異成績先后考入英國劍橋大學(xué)、美國圖蘭大學(xué)、加拿大多倫多大學(xué)、澳大利亞悉尼大學(xué)、日本早稻田大學(xué)等國外知名學(xué)府深造，有二百多人考入國內(nèi)北大、清華、中國人大、香港大學(xué)等重點大學(xué)學(xué)習(xí)。在九年成功的素質(zhì)教育實踐和跨越式發(fā)展中，學(xué)校辦學(xué)優(yōu)勢和辦學(xué)成果亮點紛呈，2006年榮獲“深圳市高考成績優(yōu)秀獎”政府嘉獎，歷年中考成績始終位居南山區(qū)前茅，成為南山區(qū)“教育系統(tǒng)先進單位”、“校園文化建設(shè)特色學(xué)�！�、“校園安全工作先進單位”。今天，北大附中深圳南山分校以其自身強大的優(yōu)質(zhì)教育品牌優(yōu)勢和扎實辦學(xué)形成的良好社會聲譽，在深圳特區(qū)民辦基礎(chǔ)教育領(lǐng)域成為一面領(lǐng)軍的旗幟。
北大附中深圳南山分校高品位的校園文化同樣彰顯不凡。全校教職工的教育追求是“讓每一位學(xué)生身心舒展地生活著，言無畏懼地嘗試著，充滿幻想地期待著�！庇谑窃谳驾夹@，既閃爍著文學(xué)藝術(shù)的燦爛星光，也跳躍著科學(xué)技術(shù)的激越音符，還交匯著一道道璀璨奪目的運動風(fēng)景。母語節(jié)、科技節(jié)、英語節(jié)、體育節(jié)、藝術(shù)節(jié)……6大校園節(jié)日色彩斑斕；未名文學(xué)社、少年科學(xué)院、英語俱樂部、兒童書畫院、女足俱樂部、戲劇表演社……15個學(xué)生社團交相輝映；武術(shù)、健美操、乒乓球、網(wǎng)球、鋼琴、古箏、書法、版畫、航模、刺繡、養(yǎng)蠶、手工、輪滑……98門選修課程繽紛炫目；寫作、辯論、演講、主持、口語、動漫、合唱、書法、繪畫、定向越野、籃球、小發(fā)明……各種學(xué)科競賽碩果累累。于是在菁菁校園，催生和培養(yǎng)了一大批令附中人驕傲的優(yōu)秀人才。他們當(dāng)中，有“第二屆世界華人藝術(shù)節(jié)”鋼琴大賽兒童組金獎得主、應(yīng)邀赴維也納表演鋼琴的吳江樺同學(xué)，有在芝加哥ISI世界花樣滑冰大賽奪得金牌的康霓、許慧怡同學(xué)，有在“全國蒲公英青少年藝術(shù)新人”總決賽中獲得兩項金獎的敖道鍇同學(xué)，有在“全國少年兒童藝術(shù)風(fēng)采展示”中榮獲四頂桂冠的許可同學(xué)，有出演多部影視劇、中國唱片公司簽約少年歌手莫詩旎同學(xué)，有只身探秘黃河源考察絹蝶時發(fā)現(xiàn)珍稀植物、被《南方都市報》贊譽為“高中獨行俠”的張云舜同學(xué)，還有在科技發(fā)明活動中獲得國家發(fā)明專利的呼樹奇、林子豪、陳永檳、曾思琛同學(xué)……可謂群星璀璨，奇葩屢綻。據(jù)統(tǒng)計，僅最近三年來，學(xué)生及社團獲得國家、省、市、區(qū)級各類競賽獎勵和榮譽多達1068多項次。未名園的天空，云蒸霞蔚，流光溢彩。于是在菁菁校園，每一位莘莘學(xué)子不斷提升文化素質(zhì)，陶冶人格情操，展示個性特長，從而具備著靈敏的創(chuàng)造力，豐富的想象力，堅韌的意志力，高度的責(zé)任感等優(yōu)良品質(zhì)。魅力附中，成為眾多成功人士優(yōu)秀子女心馳神往的文化聚落。